Η πρώτη εμφάνιση γης, εκεί που σήμερα απλώνεται η Κρήτη, έγινε κατά τη διάρκεια του Κρητιδικού πολλά εκατομμύρια χρόνια πριν, όταν ο βυθός μιας τεράστιας θάλασσας, της Τηθύος, ανυψώθηκε σαν αποτέλεσμα της τρομακτικής πίεσης των τεκτονικών πλακών. Η Αιγαιίδα, η ξηρά που δημιουργήθηκε, περιελάμβανε εκτός από την Κρήτη το χώρο της ηπειρωτικής Ελλάδας και την θάλασσα του Αιγαίου.
Ωστόσο, 10-12 εκατομμύρια χρόνια πριν, λόγω της καταβύθισης μεγάλων τμημάτων γης, τα νερά της Μεσογείου άρχισαν να πλημμυρίζουν την Αιγαιίδα, με αποτέλεσμα τον κατακερματισμό της και τη δημιουργία μιας ομάδας νησιώτικης Κρήτης που θα αποκτήσει ύστερα από συνεχείς μεταβολές, πτυχώσεις, καθιζήσεις και ανυψώσεις τη μορφή που έχει σήμερα. Μια μορφή στην οποία η διάβρωση των κατά κύριο λόγο ασβεστολιθικών πετρωμάτων έχει προσθέσει την δική της πινελιά. Σημάδια της γεωλογικής ιστορίας του Ρεθύμνου μπορεί να δει σήμερα κανείς σε πολλά σημεία του νομού. Ο ορεινός όγκος της Ίδης αποτελεί ένα ανοιχτό γεωλογικό μουσείο και δεν είναι τυχαίο που το Φυσικό Πάρκο Ψηλορείτη έχει ενταχθεί στο Δίκτυο Ευρωπαϊκών Γεοπάρκων. Στο δρόμο προς το οροπέδιο της Νίδας υπάρχουν εντυπωσιακοί σχηματισμοί πλακωδών μαρμάρων. Στις κορφές νότια του οροπεδίου φαίνεται καθαρά η τεκτονική επαφή του στρώματος της Τρίπολης πάνω από αυτό των πλακωδών ασβεστολίθων.
Ενδιαφέρουσες πτυχώσεις πλακωδών μαρμάρων εναλλασσόμενες με λεπτές πυριτικές στρώσεις υπάρχουν στα πρανή του δρόμου που οδηγεί στη Μονή Βωσάκου. Επίσης, πολύ εντυπωσιακές πτυχές μπορεί να δει κανείς στην περιοχή του Αγίου Παύλου στα νότια του Ρεθύμνου. Τέλος, στην περιοχή του Πλακιά στην ανατολική άκρη της αμμουδιάς το μέτωπο ενός μεγάλου κατακόρυφου ρήγματος εξηγεί λίγο πολύ τον τρόπο δημιουργίας της λεκάνης σ’ αυτή την περιοχή. Στο μέτωπο αυτό σήμερα έχουν δημιουργηθεί αναρριχητικές πίστες.
Στο όμορφο αυτό μουσείο που στεγάζεται στο αναστηλωμένο Τέμενος Μασταμπά και είναι τμήμα του Μουσείου Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας, πραγματοποιούνται σύντομες στάσεις στη διαδρομή που ακολούθησε η Κρήτη τα τελευταία 300 εκατομμύρια χρόνια. Πολύ σημαντικό είναι το υλικό των Πλειστοκαινικών ενδημικών ελεφάντων και ελαφιών της Κρήτης, όλα ευρήματα από την περιοχή του Ρεθύμνου. Παρουσιάζονται επίσης ανάμεσα στ’ άλλα, απολιθώματα προερχόμενα από Παλαιοζωικές, Μεσοζωικές και Καινοζωικές θαλάσσιες αποθέσεις της Κρήτης.