Από τα 1.700 και πλέον διαφορετικά είδη και υποείδη που απαντώνται στο νησί πάνω από το 10% είναι ενδημικά, αριθμοί με τους οποίους καμιά ευρωπαϊκή χώρα δεν μπορεί να συγκριθεί. Μόνο στο νομό Ρεθύμνου απαντώνται πάνω από 950 είδη. Στις αμμώδεις παραλίες κυριαρχεί με τα κατάλευκα άνθη του ο κρίνος της θάλασσας (Pancratium maritimum). Τον συντροφεύουν φυτά όπως τα Euphorbia paralias, Medicago marina, Otanthus maritimus, Eryngium maritimum, Crithmum maritimum, όλα με ονόματα που προδίδουν τις ενάλιες προτιμήσεις τους.

Οι περιοχές που βρίσκονται κοντά σε οικισμούς και ιδιαίτερα οι πεδινές, χαρακτηρίζονται από βιότοπους έντονα επηρεασμένους από τον άνθρωπο. Εδώ, ανάμεσα στ’ άλλα, θα συναντήσει κανείς γλαδίολους (Gladiolus italicus), πολύχρωμες ανεμώνες (Anemone coronaria), νάρκισσους (Narcissus tazetta) και νεραγκούλες (Ranunculus asiaticus) που πλημμυρίζουν τους ελαιώνες και τους αγρούς. Στα φρύγανα οι φλώμοι (Phlomis sp.), ο ασπάλαθος (Calicotome villosa), η αφάνα (Sarcopoterium spinosum), η θρούμπη (Satureja thymbra), το θυμάρι (Τhymus capitatus), η αγριολεβάντα (Lavandula stoechas ), οι φασκομηλιές (Salvia sp.) όπως και τα διάφορα είδη λαδανιάς (Cistus sp.) διαχέουν στην ατμόσφαιρα τις μυρωδιές τους.

Ο αστύρακας με τα κομψά αρωματικά άνθη του, τα ρείκια (Erica arborea, Erica manipuliflora), ο σχίνος (Pistacia lentiscus), η τραμιθιά (Pistacia terebinthus) και η δάφνη (Laurus nobilis), ο πρίνος (Quercus coccifera), οι κουμαριές (Arbutus unedo, Arbutus andrachne), και η μυρτιά (Myrtus communis) είναι τα είδη που κυριαρχούν στους Μεσογειακούς θαμνώνες (Μακία).

Στα φαράγγια ενδημούν πιο σπάνια και ιδιαίτερα είδη. Οι ενδημικές Campanula tubulosa και Campanula saxatilis, το όνοσμα το ελληνικό (Onosma graecum) η βραχόφιλη τουλίπα (Tulipa saxatilis) και οι δυο σταιχιλίνες (Staehelina arborea και Staehelina fruticosa) είναι μερικά από αυτά.

Στα βουνά απαντώνται ανάμεσα στ’ άλλα μερικά από τα πιο στενότοπα είδη. Το όμορφο αγριογαρύφαλλο Dianthus pulviniformis για παράδειγμα είναι ενδημικό του Κέδρους.

Στον Ψηλορείτη ενδημεί η Horstrissea dolinikola που μαζί με την Petromarula pinnata αποτελούν τα δύο ενδημικά γένη της Κρήτης. Απαντώνται ακόμα ο φθινοπωρινός Crocus oreocreticus, η πανέμορφη χιονοδόξα (Chionodoxa nana), το άρο της Ίδης (Arum idaeum), η κομψή κορυδαλίς η μονανθής η βιόλα η εύοσμη (Viola fragrans) και πολλά άλλα.